Тюрьма Алькатрас, расположенная на острове существовала почти 30 лет и была закрыта 21 марта 1963 года. Туда отправляли самых опасных американских преступников. Известный гангстер Аль Капоне также отбывал наказание в ней.
Тюрьма славилась тем, что за 29 лет ее существования из нее не осуществили ни одного успешного побега. 34 осужденных пытались сбежать, в итоге: семерых застрелили, двое утонули, пять пропали без вести, остальных удалось схватить и вернуть обратно за решётку.
Двое заключённых пытались отплыть от острова, но были пойманы: один в 1945 году, другой в 1962 году. Наиболее отчаянная попытка побега, получившая название «Сражение за Алькатрас», была предпринята в 1946 году. В ней были убиты трое заключённых, двое охранников, а двоих заключённых позже казнили за участие в бунте.
Тюрьму закрыли, согласно официальной версии, из-за больших расходов на содержание заключенных. К тому же, тюрьма требовала ремонта на сумму около 3–5 миллионов долларов. Кроме того, содержание заключённых на острове было слишком дорого по сравнению с материковой тюрьмой, т. к. всё регулярно приходилось завозить с материка.
Здание планируется переоборудовать: в бывшей столовой откроют кафе, а в бывших помещениях под охрану - гостиницу.
од гостиницу планируется переоборудовать здание, где до закрытия тюрьмы располагались помещения для тюремной охраны. Кроме того, в рамках рассчитанного на 20 лет плана по развитию инфраструктуры Алькатраса планируется организовать лодочные прогулки по периметру острова.